Учет субсидий от собственника унитарного предприятия

Собственник имущества унитарного предприятия – государство (РФ, субъект РФ) или муниципалитет < п. 2 ст. 113 ГК РФ, ст. 2 Закона от 14.11.2002 № 161-ФЗ >.
Вы не указали, какую субсидию вам выделили и на что. Поэтому отвечаем, руководствуясь только общими нормами НК.
Для налога на прибыль унитарное предприятие не учитывает в доходах поступления от собственника имущества, кроме выручки и внереализационных доходов за поставленные товары, выполненные работы, оказанные услуги < подп. 26 п. 1 ст. 251 НК РФ, Письма Минфина от  09.06.2015 № 03-03-06/4/33256, от 09.04.2015 № 03-03-06/20149>.
Поскольку вы не указали, на какие цели получили субсидию, мы не можем дать ответ о порядке учета расходов, произведенных за ее счет.
Если полученная субсидия не связана с оплатой реализованных товаров, работ, услуг, то ее не учитывают и для НДС < п. 1 ст. 162 НК РФ >.
Однако имейте в виду вот что. Если вы изначально приобретали товары (работы, услуги) и НДС по ним принимали к вычету, а теперь получили субсидию из федерального бюджета на возмещение этих затрат с учетом НДС, то вам нужно восстановить входной налог, относящийся к этим затратам. Причем восстановленный налог вы можете учесть в прочих расходах < подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ >.
Если же вы получили субсидию из республиканского или местного бюджета, то НДС восстанавливать не нужно < Письмо Минфина от 30.08.2016 № 03-07-11/50508, Определение ВС РФ от 21.01.2016 № 310-КГ15-13228, п.1 Приложения к Письму ФНС от 07.07.2016 № СА-4-7/12211@ >. Такая обязанность появится только с 01.07.2017 <подп.6 п. 3 ст.170 НК РФ в ред. действ. с 01.07.2017 (внесено Законом от 30.11.2016 г № 401-ФЗ) >.