Из вашего вопроса не совсем понятно, о какой переплате идет речь. Возможны две ситуации.

Например, вы могли просто ошибочно заплатить больше чем нужно. При этом сумма удержанного НДФЛ равна сумме исчисленного налога.

Другой случай такой. Вы ошибочно удержали у работника НДФЛ в большей сумме. И в 2016 году эту сумму НДФЛ работнику не возвращали.

И в том, и в другом случае порядок заполнения строки 070 раздела 1 и строки 140 раздела 2 формы 6-НДФЛ будет одинаковым.

Дело в том, что информация о фактически уплаченных суммах НДФЛ в форме 6-НДФЛ вообще не приводится.

Строка 140 раздела 2 формы 6-НДФЛ предназначена для отражения суммы удержанного НДФЛ с дохода, полученного в определенную дату <п. 4.2 Порядка заполнения, утв. Приказом ФНС от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450>.

А в строке 070 раздела 1 формы 6-НДФЛ показывают общую сумму удержанного НДФЛ нарастающим итогом с начала года <п. 3.3 Порядка заполнения, утв. Приказом ФНС от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450>.

Поэтому в этих строках вы должны указать именно ту сумму НДФЛ, которую вы удержали. Сколько вы фактически заплатили в бюджет не важно.

И даже если переплата возникла в результате перерасчета и образовался излишне удержанный налог, в 6-НДФЛ нужно показать, в том числе, и излишне удержанную часть НДФЛ.

Если в 2017 году вы вернете работнику сумму излишне удержанного НДФЛ, эту сумму нужно будет показать в строке 090 раздела 1 формы 6-НДФЛ начиная с периода, в котором вернете налог 2017 года <Письмо ФНС от 14.11.2016 № БС-4-11/21536>.