В вашем случае подача уточненного расчета не требуется.
Ведь несмотря на то, что раздел 2 расчета по форме 6-НДФЛ за девять месяцев 2016 года вы заполнили неверно <Письмо ФНС от 24.10.2016 N БС-4-11/20126@>, такая ошибка не привела к занижению или завышению суммы налога, подлежащей перечислению. Соответственно, не будет и каких-либо штрафов как за неверное заполнение расчета 6-НДФЛ в вашей ситуации, так и за неподачу уточненки.
Учтите, что если операция отражена (пусть и ошибочно) в разделе 2 расчета по форме 6-НДФЛ за девять месяцев 2016 года, то данная операция повторно в разделе 2 расчета по форме 6-НДФЛ за 2016 год не отражается < Письмо ФНС от 15.12.2016 N БС-4-11/24065@>.