Как следует из вашего вопроса, последний день работы вашего временного сотрудника - конкретный день, указанный в срочном трудовом договоре. Однако если работник принят на работу на время отсутствия основного работника (в данном случае на время отпуска основного работника), то днем увольнения (последним днем его работы) будет не конкретная дата, указанная в трудовом договоре, а день, предшествующий дню выхода на работу основного работника. То есть это будет день, предшествующей рабочему дню (смене), в которую на работу выйдет основной работник < ст. 79 ТК РФ; Письмо Роструда от 31.10.2007; Апелляционное определение Свердловского облсуда от 22.04.2016 № 33-7382/2016>. Причем не имеет значения, выходной или рабочий это день у временного работника. То есть в такой ситуации работника можно уволить в его выходной день по графику работы данного работника.

Если получилось так, что 04.02.2017 у вас на работу вышел и основной, и временный работник, то уволить временного работника нужно 03.02.2017 г., издать приказ об увольнении нужно 04.02.2017 и внести записи в трудовую книжку работника, и произвести расчет с ним <ч. 2 ст. 80, ч. 3 ст. 84.1 ТК РФ, Определения Свердловского областного суда от 22.03.2012 № 33-3305/2012>. Если это выходной день у кадровой и бухгалтерской службы, то их можно привлечь к работе в выходной день <ст. 113 НК РФ>. 

В выходной день работник на работу выходить не должен. И если в связи с этим вы не сможете выдать ему трудовую книжку, а он не сможет расписаться в приказе об увольнении, то направьте ему уведомление о необходимости явиться за трудовой книжкой либо дать согласие на отправление ее по почте. Со дня направления указанного уведомления работодатель освобождается от ответственности за задержку выдачи трудовой книжки <ч. 6 ст. 84.1 ТК РФ>. Если же работник придет в выходной день, чтобы получить трудовую книжку, то уведомление отправлять не нужно.

В форме 6-НДФЛ в строке 100 второго раздела нужно отразить день увольнения, т.к. это дата получения дохода при увольнении <п. 2 ст. 223 НК РФ>.

Если расчет с работником будет произведен в этот день, то эту же дату нужно указать в строке 110 второго раздела как дату удержания налога. Если выплата будет произведена в другой день, потому что работника не было на работе в день увольнения, то тогда в этой строке нужно указать день фактической выплаты увольнительных сумм <п. 4 ст. 226 НК РФ>.

В строке 130 второго раздела нужно указать сумму дохода, начисленного работнику при увольнении. В строке 140 второго раздела нужно указать сумму начисленного НДФЛ с этого дохода. А в строке  120 второго раздела нужно указать срок перечисления НДФЛ в бюджет - следующий день после для выплаты дохода <п. 6 ст 226 НК РФ>.