1. ИП неправильно поступил, уплатив налог за счет собственных средств. Уплата НДФЛ за счет средств налогового агента прямо запрещена НК (п. 9 ст. 226 НК РФ). Но обнаружить это налоговики могут:
- либо на выездной проверке;
- либо на камеральной проверке расчета 6-НДФЛ. Они запросят у вас пояснения, если удержанная сумма НДФЛ, указанная в расчете, не будет совпадать с суммой перечисленного в бюджет налога (Письмо ФНС от 10.03.2016 № БС-4-11/3852@).
2. Эти 2 рубля надо удержать с работника. Как мы поняли из вопроса, у вас сумма дохода у работника и сумма исчисленного с этого дохода НДФЛ были правильные. Они указываются в разделе 1 расчета 6-НДФЛ за 2016 год по строкам 020 и 040. А вот сумма удержанного НДФЛ оказалась неверной. Но НДФЛ с декабрьской зарплаты в расчете за 2016 год не отражается, он показывается в расчете за I квартал 2017 года.
Недоудержанный декабрьский налог вы можете удержать из январской зарплаты, уменьшив выплату работнику на 2 рубля. В расчете 6-НДФЛ за I квартал 2017 г. вы указываете:
- в разделе 1 по строке 070 – правильную сумму удержанного НДФЛ;
- в разделе 2 по строке 130 правильную сумму декабрьского дохода, а по строке 140 правильную сумму удержанного налога.
3. В расчете 6-НДФЛ не указываются ни сумма перечисленного налога, ни фактическая дата его перечисления. Как в разделе 1, так и в разделе 2 расчета показываются только исчисленная и удержанная суммы налога и срок перечисления налога по НК.
Перечисление налога инспекторы отражают только в вашей карточке расчетов с бюджетом по НДФЛ (КРСБ). В ней они отразят суммы налога, указанные в строках 140 раздела 2, по датам, зафиксированным в строках 120 раздела 2 расчета. А потом уже сравнят удержанные суммы налога по вашему расчету с уплаченными суммами (Письмо ФНС от 10.03.2016 № БС-4-11/3852@).
4. Вообще за неполное удержание и (или) неполное перечисление в бюджет НДФЛ грозит штраф в размере 20% от суммы от не вовремя удержанной/перечисленной суммы налога (ст. 123 НК РФ).
Но в вашем случае сумма налога настолько мала, что штраф составит всего лишь 40 копеек (2 руб. х 20%).
Кроме того, за несвоевременное перечисление налога нужно перечислить пени за каждый день просрочки в размере 1/300 ставки ЦБ РФ от суммы нудоудержанного налога (п. 4 ст. 75 НК РФ).
Но и эта сумма у вас тоже будет очень мала. Если предположить, что вы удержите НДФЛ у работника из январской зарплаты при ее выплате 31.01.2017 и перечислите налог в бюджет 1 февраля 2017г., то сумма пени составит 1 коп. (2 руб. х 1/300 х 10% х 22 дн.).
Так что санкции в вашем случае будут минимальны.