Как мы поняли из вашего вопроса, организация компенсирует работнику его расходы на проживание в санатории. Сумма определяется по чекам, предоставленным работником, и выплачивается из чистой прибыли компании. 

В таком случае сумма компенсации стоимости самой путевки на санаторно-курортное лечение не облагается НДФЛ <п.9 ст.217 НК РФ>. 

Суммы, полностью не облагаемые НДФЛ, не отражаются в 6-НДФЛ <вопрос 4 Письма ФНС от 01.08.2016 № БС-4-11/13984@> и 2-НДФЛ <Письмо Минфина от 18.04.2012 № 03-04-06/8-118>.

Однако организация могла компенсировать работнику еще и проезд к санаторию. Тогда часть компенсации, равная стоимости проезда, должна облагаться НДФЛ <Письмо Минфина от 28.09.2016 N 03-04-05/56564>. Ведь на стоимость проезда в оздоровительный санаторий освобождение от НДФЛ, предусмотренное ст.217 НК РФ, не распространяется.