Поскольку эти премии не являются частью заработной платы (не предусмотрены трудовым и/или коллективным договором) <ст. 129, 135 ТК>, то в целях НДФЛ датой получения дохода для них следует считать день выплаты <подп. 1 п. 1 ст. 223 НК>. Соответственно, обе премии должны быть отражены в разделах 1 и 2 формы 6-НДФЛ, сдаваемой по итогам 2016 года. В строке 100 для каждой премии указывайте дату ее выплаты.
Если эти премии были выплачены из чистой прибыли (есть решение участников общества), то в справке 2-НДФЛ укажите код 2003, в ином случае – код 4800.
Код 2002 тут не подходит, т.к. премии начислены не за трудовые результаты и не предусмотрены трудовыми либо коллективным договорами. Код 2000 тоже не годится, т.к. эти премии не являются частью зарплаты.