НДФЛ в такой ситуации удерживает и пречисляет в бюджет налоговый агент, то есть ваша организация. Кроме того, вам нужно включить данные о выплаченном доходе и удержанном налоге в справку 2-НДФЛ на это физлицо и в отчет 6-НДФЛ. Подробнее читайте об этом:
http://glavkniga.ru/elver/2014/8/1440-arenda_raznikh_storon_razbiraem_otdelinie_voprosi.html
http://glavkniga.ru/elver/2013/8/577-arenda_mashini_voditelem_schitaem_ndfl_strakhovie_vznosi.html