В соответствии с п.2 ст.230 НК РФ налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, представляют отчетность по формам 2-НДФЛ и 6-НДФЛ в отношении работников этих обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений.

В соответствии с Порядком заполнения формы 2-НДФЛ (Приложение № 2 к Приказу ФНС от 30.10.2015 № ММВ-7-11/485@) в поле «КПП» указывается код причины постановки на учет (КПП) по месту нахождения организации согласно Свидетельству о постановке на учет в налоговом органе. При этом если форма 2-НДФЛ заполняется организацией, имеющей обособленные подразделения, в данном поле указывается КПП по месту нахождения обособленного подразделения организации.

Аналогичные указания приведены в отношении заполнения поля «КПП» в форме 6-НДФЛ (Приложение № 2 к Приказу ФНС от 14.10.2015 № ММВ-7-11/450@).

Таким образом, организации необходимо отдельно подавать отчетность по форме 2-НДФЛ и форме 6-НДФЛ в отношении головной организации и обособленного подразделения, указывая КПП по месту нахождения головной организации и обособленного подразделения соответственно.