Если на момент сдачи справок 2-НДФЛ с признаком «1» за 2016 год зарплата за ноябрь и декабрь еще не будет выплачена, то:

<и> в разделе 3 отразите зарплату за ноябрь и за декабрь отдельными суммами по соответствующим этим месяцам строкам, т.к. датой фактического получения дохода в виде зарплаты считается последний день месяца, за который она начислена <п. 2 ст. 223 НК>;

<и> в разделе 5 включите ее в графу «Общая сумма дохода», а исчисленный с нее налог – в графы «Сумма налога исчисленная» и «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом». А вот в графу «Сумма налога удержанная» этот налог не включайте. 

Справку 2-НДФЛ с признаком «2» на эти суммы не сдавайте. После того, как погасите долг по зарплате и при ее выплате удержите и перечислите налог, вам нужно будет сдать уточненные справки 2-НДФЛ с признаком «1» за 2016 год <Письмо ФНС от 02.03.15 № БС-4-11/3283, от 03.02.2012 № ЕД-4-3/1692@>.

Если к моменту сдачи справок 2-НДФЛ с признаком «1» за 2016 год зарплата уже будет выплачена, налог из нее будет удержан и заплачен, то включайте его сумму в  графу «Сумма налога удержанная».