Как мы поняли из вашего вопроса, в организации были иные выплаты доходов в январе-декабре 2016 года, но вас интересуют лишь формирование показателей по различным строкам расчета 6-НДФЛ в той части, которая относится к ноябрю 2016 года. Ведь показатели по строке 040 и 070 раздела 1 расчета 6-НДФЛ заполняются нарастающим итогом с начала года, и в них не могут быть указаны данные только за ноябрь месяц.

При таком допущении при формировании показателя строки 070 «Сумма удержанного налога» раздела 1 надо учесть сумму НДФЛ, удержанную в ноябре с доходов работников. Такую же сумму надо отразить по строке 140 «Сумма удержанного налога» раздела 2 по строке, соответствующей ноябрьской выплате.

По строке 040 «Сумма исчисленного налога» раздела 1 расчета нужно отразить налог, исчисленный как произведение ставки 13% и разницы между доходом, отраженным по строке 020 «Сумма начисленного дохода», и вычетами, отраженными по строке 030 «Сумма налоговых вычетов». В вашем случае (если брать только данные за ноябрь), сумма исчисленного НДФЛ равна 13 000 руб. Такая же сумма «ноябрьского» НДФЛ будет учтена при формировании показателя 070 «Сумма удержанного налога».

Учтите, что по строке 020 надо отразить сумму всех доходов сотрудников. А по строке 030 – НДФЛ-вычеты, в том числе и имущественные  вычеты, представленные за ноябрь 2016 года.

Сумма НДФЛ (7000 руб.), возвращенная вашей организацией работнику в связи с предоставлением налогового вычета, отражается по строке 090 «Сумма налога, возвращенная налоговым агентом» раздела 1 расчета 6-НДФЛ <Письмо ФНС от 13.10.2016 № БС-4-11/19483@>.