Насколько мы поняли, ошибка обнаружена после того, как истек срок для представления НДС-декларации и срок уплаты налога, установленный НК РФ. В таком случае вам нужно:
- доплатить в бюджет недоимку по НДС, образовавшуюся из-за допущенной ошибки,
- уплатить пени в бюджет, которые вы должны самостоятельно рассчитать на сумму недоимки,
- составить уточненную НДС-декларацию и направить ее в инспекцию по телекоммуникационным каналам связи (в электронном виде).
При соблюдении такой последовательности действий (пени и недоимка уплачиваются до подачи уточненной декларации) ваша организация освобождается от штрафа за неуплату налога <подп.1 п.4 ст.81 НК РФ, Письмо ФНС от 14.11.2016 № ЕД-4-15/21472@>.