Да, вы должны организовать свой учет таким образом, чтобы иметь возможность отразить в декларации по НДС данные, в том числе, и по деятельности филиала. Ведь налогоплательщиками НДС признаются организации <п. 2 ст. 11, п. 1 ст. 143 НК РФ, Письмо УФНС России по г. Москве от 27.03.2007 № 19-11/028237>. Соответственно организации, у которых есть филиалы, платят налог и представляют декларацию централизованно по месту налогового учета головной организации<п. 2 ст. 174 НК РФ>.
Что же касается заполнения НДС-декларации, то поскольку филиал ведет деятельность, не облагаемую НДС, сведения о таких операциях вам нужно будет показать в разделе 7 декларации по НДС.