Продавец, забыв вовремя составить счет-фактуру, допустил ошибку <п.3 ст.168 НК РФ>. Однако такая ошибка не мешает налоговикам идентифицировать продавца, покупателя, сумму НДС и стоимость самих товаров, работ или услуг. Так что она не препятствует вычету НДС у покупателя <п. 1, 2 ст. 169 НК РФ>. Согласен с этим и Минфин <Письмо Минфина от 25.01.2016 N 03-07-11/2722>.

Таким образом, покупатель может принять к вычету НДС по счету-фактуре, выставленному поставщиком с опозданием. Главное – чтобы выполнялись иные условия для принятия к вычету НДС <п. п. 5, 5.1, 6 ст. 169, п.2 ст.171, п.1 ст.172  НК РФ>. 

Не должно быть каких-либо негативных последствий из-за того, что счет-фактура выписан с опозданием. Ведь если исполнитель (поставщик) отразит такой счет-фактуру в книге продаж, то программа налоговиков при проверке НДС-деклараций обнаружит соответствие. И никаких вопросов не возникнет.

Однако если бы счет-фактура был вовремя составлен и передан, то у заказчика (покупателя) право на вычет входного НДС возникло бы раньше.

Поставщик же должен учесть, что зарегистрировать счет-фактуру, выставленный с опозданием, надо в книге продаж того налогового периода, в котором возникло обязательство по уплате НДС <п. 2 Правил ведения книги продаж, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137>. То есть сделать это нужно во втором квартале 2017 года (когда были оказаны услуги). Если такая реализация не была отражена в НДС-декларации за второй квартал, то надо исправить ошибку, подав уточненную декларацию. Но предварительно надо доплатить налог и уплатить пени <ст.81 НК РФ>.