Нет, не означает. Статья 54.1 НК РФ не меняет порядок применения налоговых вычетов по НДС, в том числе по «авансовым» счетам-фактурам. А лишь называет обстоятельства, при которых правомерно уменьшать по правилам части второй НК РФ налоговую базу (сумму налога к уплате) по имевшим место сделкам (операциям). То есть по уже завершенным сделкам <п. 2 ст. 54.1 НК РФ>.