Сам по себе факт неверного отражения удержанного налога по строке 070 раздела 1 расчета 6-НДФЛ еще не говорит о несвоевременной его уплате. Нельзя просто взять сумму исчисленного налога из строки 040 раздела 1 расчета 6-НДФЛ и сравнивать ее с показателем строки 070, что делают многие инспекторы. И если исчисленный налог по строке 040 больше, чем удержанный по строке 070 нельзя заявлять, что налоговый агент недоудержал налог и несвоевременно перечислил его в бюджет.
Штраф по ст. 123 НК предусмотрен именно за неперечисление (неполное перечисление) удержанного НДФЛ в бюджет в установленный НК срок.
Напомним, перечислить исчисленный и удержанный НДФЛ по нормам гл. 23 НК нужно <п. 6 ст. 226 НК РФ>:
(и) с отпускных и больничных – не позднее последнего числа месяца, в котором они выплачены работникам;
(и) с зарплаты и других доходов – не позднее дня, следующего за днем их выплаты работникам.
Именно эти крайние сроки должны быть указаны по строке 120 раздела 2 расчета 6-НДФЛ <Письмо ФНС от 20.01.2016 № БС-4-11/546@>. А перечисляемые в эти сроки суммы налога – по строке 140 раздела 2.
После того, как вы сдали расчет 6-НДФЛ, инспекторы должны были сроки из строки 120, а также суммы налога из строки 140 раздела 2 перенести в вашу карточку расчетов с бюджетом по НДФЛ (КРСБ). А затем сравнивать удержанные суммы налога с уплаченными суммами (на основании платежных поручений). Это прямо предусмотрено контрольными соотношениями по проверке расчета <Письмо ФНС от 10.03.2016 № БС-4-11/3852@>.
И если вы указывали неверные сроки по строке 120, либо неправильные суммы по строкам 140 и 070 расчета, тогда это могло привести к недоимке по НДФЛ.
Вам необходимо было сдать уточненный расчет и указать в нем исправленные данные. Что вы, как мы поняли, и сделали.
Если на самом деле вы не нарушали сроки перечисления НДФЛ, то штрафа по ст. 123 НК РФ быть не должно. В этом случае ИФНС должна отменить решение о его взыскании.
Но в вашем случае вероятнее всего будет штраф в размере 500 руб. за указание в расчете 6-НДФЛ недостоверных данных. Ведь ошибки налоговики обнаружили раньше вас <п. 1 ст. 126.1 НК РФ>. Хотя вы можете попытаться оспорить и этот штраф. Ведь как разъясняла ФНС, основанием для привлечения к ответственности является, в частности, недостоверность информации, допущенной в результате арифметической ошибки, искажения суммовых показателей, иных ошибок, которые влекут «неблагоприятные последствия для бюджета в виде неисчисления и (или) неполного исчисления, неперечисления налога» <Письмо ФНС от 16.11.2016 № БС-4-11/21695@>. Так что если у вас нет недоимки по НДФЛ, можете со ссылкой на это письмо ФНС попытаться оспорить и 500-рублевый штраф.