1. По первому вопросу. Повышенная оплата полагается работникам за фактически отработанные в выходной или праздничный день часы <ч.3 ст. 153 ТК РФ>. Следовательно, по общему правилу, вам нужно оплачивать только время работы. Компенсировать затраты на дорогу на работу и с работы вы должны, когда это предусмотрено в трудовом или коллективном договоре либо в ЛНА, в установленном названными документами порядке. Либо в случае командировки, когда работнику оплачивается время в пути (п.9 Положения, утв. Постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 N 749).
2. По второму вопросу. Если это работник, заключивший трудовой договор о дистанционной работе, то данный вопрос вам нужно урегулировать в трудовом договоре с учетом характера выполняемой работы и режима труда (ст. 312.4 ТК РФ). Если же речь идет об обычном работнике, который просто работает дома в свой выходной день, то, по общему правилу, вы такие часы учитывать не должны. Работодатель обязан оплачивать труд, выполняемый в месте работы, названном в трудовом договоре (то есть в помещении организации) (ст. 57 ТК РФ). В случае, если достигнута разовая договоренность о работе дома, то это необходимо зафиксировать в отдельном соглашении, включая порядок учета затраченного времени.