ТК гарантирует, что месячная зарплата работника должна быть не ниже МРОТ – но только при условии, что он полностью отработал за этот период норму рабочего времени и выполнил нормы труда (трудовые обязанности) (ст. 133 ТК РФ). Таким образом, если работник недоработал, то пропорциональное уменьшение зарплаты вполне законно. 

Если в вашем субъекте РФ действует обязательное для вашего учреждения региональное соглашение о повышенном МРОТ, то вы должны ориентироваться  на региональный МРОТ (ст. 133.1 ТК РФ).

В целом зарплата каждого работника зависит от его квалификации, сложности выполняемой работы, количества и качества затраченного труда (ст. 132 ТК РФ).

Отметим также, что если невыполнение работником норм труда произошло по вине работодателя (например, он не обеспечил работника работой), то он должен оплатить недоработку по среднему заработку (ст.22, ч.1 ст. 155 ТК РФ).