26 апреля трудовой договор работника был расторгнут <ст.77 ТК РФ>. При увольнении ваша организация должна была выплатить ему компенсацию за неиспользованный отпуск и иные выплаты <ст.127 ТК РФ>. В том числе и премии за отработанное время, для расчета которых имелись все данные на день увольнения <ч.1 ст.140 ТК РФ>.
При приеме на работу того же работника 27 апреля отпускной стаж начинает считаться заново <ст. 121 ТК РФ>. Таким образом, если в июне работник идет в отпуск, то при расчете отпускных должны учитываться только выплаты в рамках нового годового контракта. Поскольку майская премия к таким выплатам не относится (она выплачена за работу в 1-м квартале – по старому трудовому договору), то ее не надо включать в расчет среднего заработка.
Однако отметим, что срочный трудовой договор может быть заключен только в случае, предусмотренном ст. 59 ТК РФ <Письмо Роструда от 18.12.2008 N 6963-ТЗ>. Проверяющие/судьи могут счесть, что ваша организация не имела права заключать годовые (срочные) договоры, и переквалифицировать такие договоры в обычные - бессрочные. Тогда вам надо будет пересчитать средний заработок в обычном порядке: учитывая выплаты за 12 месяцев, предшествующих дню начала отпуска работника < п. 4 Положения о среднем заработке, утв. Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922>.