Здравствуйте.
Если вы исчисляли НДС при отгрузке товара покупателю, то при возврате от него товара вы имеете право выставить корректировочный счет-фактуру и принять к вычету НДС.
Как известно, отсутствие счетов-фактур не дает право учитывать входной НДС в стоимости приобретенных товаров (работ, услуг). Такой логикой надо руководствоваться и в вашей ситуации: даже если вы как продавец не выставите КСФ, то учесть НДС в стоимости товаров вы не имеете права.
При возврате товара ваш покупатель может составить возвратную накладную. Можно поступить проще: использовать форму обычной накладной (к примеру, ТОРГ-12) и написать вверху :"Возврат". При этом надо указать в этой накладной реквизиты договора, по которому были изначально приобретены товары покупателем.