Здравствуйте! Как вы могли отразить недостающие документы? Если вы заявили вычеты, которые ранее не были подтверждены, то надо смотреть по каждому такому вычету, не прошел ли срок его заявления. К примеру, вычет по ОС можно заявить в пределах 3 лет после принятия ОС на учет (п. 1.1 ст. 172 НК РФ; Письмо Минфина от 11.04.2017 № 03-07-11/21548). Причем некоторые инспекторы считают, что в этот трехлетний срок надо успеть представить НДС-декларацию. Неважно: уточненная она или нет.