Тут нет никаких особенностей. Заполняете все в общем порядке. Что именно не сходится?

Не то чтобы не сходилось. Не пойму вообще, нужно ли эту прибыль обособки как-то отражать (ну и платить, соответственно), если в целом убыток? Налогооблагаемой базы в целом по организации получается нет, прибыли нет, соответственно и долю обособки не выделишь (своего баланса у них нет). Это мы по управленческому учету видим, что обособленное подразделение заработало больше чем потратило, но его прибыль "съело" головное подразделение. Выходит, что по обособке сдаем нулевую декларацию?

То, что вы видите прибыль по ОП по данным управленческого учета в декларации по прибыли не показывается. Если общий финансовый результат по организации убыток (то есть убыток по головному подразделению + прибыль по обособленному подразделению), то распределять вам действительно нечего. Ведь в строке 030 приложения № 5 к листу 02 по ОП надо указывать налоговую базу в целом по организации. В эту строку она переносится из строки 120 листа 02 декларации по прибыли.

Но если у вас убыток, то по строке 120 листа 02, а также по строкам 030, 050 (налоговая база исходя из доли по ОП) и 070 (сумма налога) Приложения № 5 по обособке надо проставить нули («0») (п. 2.3, 5.5, 10.2 Порядка заполнения декларации по прибыли). Но все-таки декларация по обособке будет не совсем нулевая. Те показатели, которые можно заполнить, должны быть заполнены.

В частности, в приложении № 5 по ОП, это строки: 040, где надо указать долю налоговой базы по ОП, 060, где указывается ставка налога в региональный бюджет. По строке 080 указываются суммы начисленных авансовых платежей за отчетный (налоговый) период. Разумеется, если они у вас были