Здравствуйте. Реализация машино-мест по договорам купли-продажи облагается НДС в общем порядке. Каких-либо особенностей Налоговый кодекс не делает для подобных операций (п.1 ст.146 НК РФ). Таким образом, продавец должен исчислить НДС со всей продажной стоимости машино-места (без учета самого НДС).
То, что парковочное место продано с убытком, не влияет на особенности НДС-обложения.
Поскольку не было счета-фактуры, у вас не было права на вычет.
Однако бюджет не связывает необходимость исчисления НДС при продаже товаров с тем фактом, был ли принят к вычету входной НДС при их покупке.
Как невыгодные для бизнеса операции. К сожалению, на налоговую базу по НДС данные обстоятельства никак не влияют.
Двойного налогообложения нет: операции различные, базы по НДС - тоже.