Поскольку использование печати индивидуальным предпринимателем не является обязательным, перезаключать договор в изложенной ситуации не требуется. Можно попросить ИП составить письмо в адрес Вашей организации, с указанием, что с определенного числа ИП начинает использовать печать. Действующие нормативно-правовые акты не содержат положений о необходимости наличия печати у индивидуального предпринимателя.