Лучший вариант - исправить ошибки в учете. Иначе потом будет затруднительно отображать списание материалов со счета 10. Вряд ли вы сможете сделать это корректно в бухгалтерской программе.
Иной вариант - делать расчеты списываемых сумм в бухгалтерской справке и потом отражать проводки на нужные суммы. Относительно отражения такой операции в 1С уточните у разработчика программы.