Если СДЭК является агентом и участвует в расчетах с физлицами, то именно СДЭК должен применять ККТ при получении остатка суммы от покупателя <ст. 1.1, п. 1 ст. 1.2 Закона от 22.05.2003 N 54-ФЗ, Письмо Минфина от 04.07.2018 N 03-01-15/46377>. При этом неважно, что чек на предоплату был сформирован на кассе продавца, зачет такой предоплаты производит организация-агент с формированием соответствующего чека. Ведь вся необходимая для этого информация о товаре у посредника должна быть, а именно: полная стоимость товара, сведения о том, что товар предоплачен и о том, какую сумму должен доплатить покупатель.
Таким образом, продавцу «закрывающий» чек печатать не нужно, поскольку это делает агент. А от агента продавец должен получить стандартный агентский отчет, а если предусмотрено агентским договором, то еще и копии документов, подтверждающие факт исполнения агентского поручения (к примеру, кассовых чеков).