Да, должно. Когда организации в безналичном порядке получают оплату от физических лиц, которые не являются ИП, ККТ применяется при любых разновидностях расчетов: с использованием электронных средств платежа и без них. Чек ККТ должен быть пробит не позже рабочего дня, следующего за днем осуществления расчета, но не позже фактической передачи товара (п. п. 5.3 и 5.4 ст. 1.2 Федерального закона от 22.05.2003 N 54-ФЗ "О применении контрольно-кассовой техники при осуществлении расчетов в РФ")