Ставка НДС зависит от вида услуг, а также от того, откуда и куда перевозят груз.
Ставка НДС 0% применяется к транспортно-экспедиционным услугам (кроме услуг российских железнодорожных перевозчиков), которые оказаны при:
- организации международной перевозки товаров (пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ);
- железнодорожной перевозке импортируемых товаров по РФ от места прибытия до места назначения (пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ);
- железнодорожной перевозке или транспортировке по РФ экспортируемых (реэкспортируемых) товаров (пп. 2.7 п. 1 ст. 164 НК РФ);
- организации железнодорожной перевозки или транспортировке товаров, порожнего железнодорожного подвижного состава или контейнеров через РФ из одного иностранного государства в другое (пп. 3.1 п. 1 ст. 164 НК РФ).
Ставку НДС 20% применяйте к транспортно-экспедиционным услугам во всех случаях, когда нет оснований для применения ставки 0%. А также в том случае, если вы не подтвердили нулевую ставку или отказались от нее (п. п. 3, 7 ст. 164, п. 9 ст. 165 НК РФ).
Для подтверждения ставки НДС 0% по транспортно-экспедиционным услугам одновременно с декларацией по НДС за тот квартал, в котором вы их собрали и рассчитали налог по ставке 0%, надо представить подтверждающие документы (п. 10 ст. 165 НК РФ).
Прежде всего, нужен контракт (его копия) на оказание транспортно-экспедиционных услуг. Если вы ранее уже подавали контракт в инспекцию, чтобы подтвердить нулевую ставку за предыдущие периоды, повторно представлять его не потребуется. Достаточно подать уведомление, в котором указываются реквизиты документа, вместе с которым ранее представлен контракт, и налоговый орган, в который вы подавали документы (п. 10 ст. 165 НК РФ).
Кроме него потребуются:
1) для услуг, оказанных при организации международной перевозки или железнодорожной перевозке импортируемых товаров по РФ, - копии транспортных, товаросопроводительных или иных документов, которые подтверждают вывоз товаров из РФ (ввоз товаров в РФ). Конкретные виды таких документов зависят от того, каким транспортом перевозят груз (пп. 2.1 п. 1 ст. 164, п. 3.1 ст. 165 НК РФ).
Если вы организуете вывоз товара в страну - член ЕАЭС (ввоз из нее) и заказчик не является экспортером (импортером), то дополнительно нужна копия контракта между заказчиком и экспортером (импортером);
2) для услуг, оказанных при железнодорожной перевозке экспортируемых (реэкспортируемых) товаров по РФ, - копии транспортных, товаросопроводительных или иных документов с отметками таможенных органов (пп. 2.7 п. 1 ст. 164, п. 3.7 ст. 165 НК РФ);
3) для услуг, оказанных при организации железнодорожной перевозки товаров, порожнего железнодорожного подвижного состава и контейнеров через РФ из одного иностранного государства в другое, - копии перевозочных документов с указанием наименований или кодов станций отправления и назначения, входных и выходных российских пограничных (припортовых) железнодорожных станций (пп. 3.1 п. 1 ст. 164, п. 4.1 ст. 165 НК РФ).
Срок для сбора подтверждающих документов - не позднее 180 календарных дней. Он исчисляется (п. 9 ст. 165 НК РФ):
- для услуг, оказанных при организации международной перевозки и при железнодорожной перевозке импортируемых товаров по РФ, - с даты отметки таможенных органов на транспортных, товаросопроводительных или иных документах, подтверждающих вывоз (ввоз) товаров. Если товар вывозят в страну - член ЕАЭС (ввозят товар из нее) - с даты оформления таких документов;
- для услуг, оказанных при железнодорожной перевозке экспортируемых (реэкспортируемых) товаров по РФ, - с даты отметки таможенных органов на транспортных, товаросопроводительных или иных документах о помещении товаров под таможенную процедуру;
- для услуг, оказанных при организации железнодорожной перевозки товаров, порожнего железнодорожного подвижного состава или контейнеров через РФ из одного иностранного государства в другое, - с даты на оттиске календарного штемпеля пограничной железнодорожной станции или станции назначения, который поставлен на перевозочном документе.