При доле вычетов по НДС больше допустимого размера инспекция может запросить пояснения. Также это один из критериев при отборе налогоплательщиков для проведения выездной проверки (п.3 Общедоступных критериев оценки рисков).
При этом превышение вовсе не означает, что вас обязательно привлекут к ответственности и доначислят НДС. Негативные последствия возможны только по результатам проведения налоговой проверки и обнаружения налоговых правонарушений (пп. 4 п. 1 ст. 31 НК РФ. п. 50 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57).