Определите налоговую базу в рублях на дату отгрузки. Она равна стоимости отправленных на экспорт товаров согласно экспортному контракту (п. 3 ст. 153, пп. 1 п. 1, п. 9 ст. 167 НК РФ, п. 5 Протокола о взимании косвенных налогов в рамках ЕАЭС). Эта же сумма должна быть указана у вас в первоначальном счете-фактуре, который вы составили при отгрузке и в котором НДС исчислен по ставке 0%.