Итак, в декабре 2016 г. вы излишне удержали НДФЛ из доходов работника в сумме 130 руб. (1 000 руб. Х 13%) и на эту сумму больше перечислили налога в бюджет. Ведь налогооблагаемый доход должен быть 9000 руб., а не 10 000 руб.
Вам нужно было сообщить об излишнем удержании налога работнику, а он должен был написать вам заявление о возврате и указать в нем реквизиты счета в банке, на который нужно перечислить этот налог. Такая процедура предусмотрена в НК <п. 1 ст. 231 НК РФ>. Причем возвращать наличными излишне удержанный НДФЛ нельзя <п. 1 ст. 231 НК РФ>.
Из вашего вопроса непонятно, сделали вы перерасчет с работником и вернули ему излишне удержанный НДФЛ или нет.
Если вы в 2017 году все перерасчеты с работником сделали и вернули ему излишне удержанный налог до сдачи справки 2-НДФЛ, то в ней вы не должны были указывать в разделе 5 сумму излишне удержанного налога. Там вы должны были отразить все положенные работнику вычеты (в том числе по 500 руб. за ноябрь и декабрь). И тогда у вас в справке 2-НДФЛ суммы исчисленного, удержанного и перечисленного НДФЛ должны были быть одинаковые. То есть уже с учетом произведенного перерасчета. Кстати, так рекомендует делать ФНС <Письма ФНС от 21.07.2017 № БС-4-11/14329@ (вопрос 8), от 27.01.2017 № БС-4-11/1373@ (п. 2)>.
Если вы НДФЛ работнику до сих пор не вернули, то вам надо это сделать сейчас. И после этого нужно представить в ИФНС корректирующую справку 2-НДФЛ за 2016 год <разделы I, II Порядка заполнения формы, утв. Приказом ФНС от 30.10.2015 № ММВ-7-11/485@, Письмо ФНС от 26.10.2016 № БС-4-11/20366@>. И в ней уже не должно быть никакой переплаты.
Корректирующую справку 2-НДФЛ вы тоже подаете с признаком «1». Справки 2-НДФЛ с признаком «2» у вас в принципе быть не может. Она подается только в том случае, когда вы выплатили работнику доход и не смогли у него удержать НДФЛ в течение календарного года <п. 5 ст. 226 НК РФ>. А вы наоборот удержали у работника лишнюю сумму налога.
В справке 2-НДФЛ отражаются сведения о доходах физлиц, об исчисленных и удержанных суммах НДФЛ (а также о суммах дохода, с которого не удержан налог, и сумме неудержанного налога) за налоговый период, то есть за календарный год <ст. 216 НК РФ, Порядок заполнения формы, утв. Приказом ФНС от 30.10.2015 № ММВ-7-11/485@>.
Так что в справке 2-НДФЛ за 2017 год отражаются только суммы доходов и налога, относящиеся к 2017 году. Суммы долгов и переплат с прошлых годов (2016 года) в ней не показываются.
Теперь что касается 6-НДФЛ. Утвержденные ФНС контрольные соотношения предусматривают равенство сумм исчисленного НДФЛ, указанного в строке 040 раздела 1 расчета 6-НДФЛ за год, с исчисленной суммой НДФЛ в разделе 5, указанного в справках 2-НДФЛ всех работников организации <Письмо ФНС от 10.03.2016 № БС-4-11/3852@ (3.4)>.
Поэтому после исправления справки 2-НДФЛ, вам нужно сдать в ИФНС и уточненный расчет 6-НДФЛ за 2016 год <Письмо ФНС от 21.09.2016 № БС-4-11/17756@>. В нем в разделе 1 вам нужно указать правильные суммы – доходов по строке 020, вычетов по строке 030 (в том числе по 500 руб. за ноябрь и декабрь), исчисленного налога по строке 040 (то есть за минусом 130 руб.).
А вот сумму удержанного налога по строке 070 в разделе 1 и по строке 140 в разделе 2 править не надо, там должна остаться сумма 1300 руб. Ведь она действительно была удержана у физлица в 2016 году (по состоянию на 31.12.2016 года) <Письма ФНС от 05.12.2016 № БС-4-11/23138@, от 01.08.2016 № БС-4-11/13984@ (вопрос 6)>.
При таком заполнении у вас за 2016 год будет сумма излишне удержанного налога в размере 130 руб. (строка 040 – строка 070 раздела 1 расчета 6-НДФЛ). И она перейдет на 2017 год.
Сдавать корректировки 6-НДФЛ за 2017 год с заполненной строкой 080 вам не нужно, так как у вас нет неудержанного налога.
В том отчетном периоде 2017 года, в котором вы вернете излишне удержанный НДФЛ работнику, вам надо отразить его по строке 090 раздела 1 расчета 6-НДФЛ <п. 3.3 Порядка заполнения расчета 6-НДФЛ, Письмо ФНС от 26.10.2016 № БС-4-11/20366@>.
При этом на сумму возврата вы меньше перечисляете налог в бюджет <п. 1 ст. 231 НК РФ>.
В этом случае у вас данные расчета 6-НДФЛ за 2017 год сойдутся с карточкой расчета с бюджетом по НДФЛ. Там предусмотрено такое контрольное соотношения: строка 070 – строка 090 = уплачено НДФЛ с начала календарного года <Письмо ФНС от 10.03.2016 № БС-4-11/3852@ (2.1)>.