Здравствуйте! Налоговый кодекс никак не регулирует особенности учета взаиморасчетов по договорам между контрагентами. В том числе и особенности НДС-учета.
В данной ситуации для целей НДС важно, чтобы у поставщика (исполнителя) были отражены правильно и в срок все суммы за реализованные товары, работы, услуги и полученные авансы (а также иные суммы, включаемые в базу по НДС).
Вы можете делать так, как удобно вашей организации.