При заключении договора гражданско-правого характера с самозанятым организация никакие налоги не уплачивает (НДФЛ и страховые взносы). НДФЛ уплачивает самозанятый самостоятельно. При регистрации самозанятого в мобильном приложении "Мой налог" формируется справка о постановке на учет физ лица в качестве такового, которая может быть направлена контрагенту для подтверждения статуса самозанятого гражданина. Сформировать справку можно в кабинете самозанятого "Мой налог".

Этой справкой можно подтвердить статус. Также на специальном сайте ФНС России можно проверить статус самозанятого гражданина (https://npd.nalog.ru/check-status/). При выявлении признаков трудовых отношений с самозанятым работодатель может быть привлечен к административной ответственности (Информация ФНС России "Гражданско-правовые договоры между работодателями и самозанятыми могут быть переквалифицированы в трудовые").