Поскольку ваша компания владела основным средством в течение 2 лет, то при его реализации у вас возникает обязанность пересчитать налоговую базу по упрощенному налогу за весь период пользования таким ОС (п. 3 ст. 346.16 НК РФ). И сделать это необходимо даже если на дату передачи основного средства вы уже сменили объект налогообложения по УСНО на «доходы» (Письма Минфина России от 26.03.2009 N 03-11-06/2/50, от 27.02.2009 N 03-11-06/2/30).
Для пересчета базы из расходов года, в котором ОС было введено в эксплуатацию, надо исключить учтенную ранее его стоимость. А в расходах признать амортизацию, рассчитанную по правилам, установленным для плательщиков налога на прибыль. Вы можете использовать как линейный, так и нелинейный метод начисления амортизации. Амортизация начисляется с 1-го числа месяца, следующего за месяцем ввода ОС в эксплуатацию (п. 4 ст. 259 НК РФ), и по месяц его реализации включительно (п. 5 ст. 259.1 НК РФ). Но поскольку компания перешла на объект налогообложения «доходы» с 2014 г., то в расходах получится признать только амортизацию за 2013 год.
По окончании вышеперечисленных расчетов вам нужно доплатить образовавшуюся за 2012 г. недоимку по упрощенному налогу. Конкретные сроки по ее уплате не установлены. Но чем скорее вы это сделаете, тем лучше, ведь кроме налога придется уплатить пени, которые рассчитываются за каждый календарный день просрочки уплаты налога (п.3 ст.75 НК РФ).
Также вам нужно представить уточненные декларации за все года, когда вы пользовались этим ОС и за которые был пересчитан упрощенный налог, а именно за 2012 и 2013 годы (абз. 2 п. 1 ст. 54, п. 1 ст. 81 НК РФ). Уточненки подавайте по формам, действовавшим в тот период, за который корректировалась налоговая база (абз. 2 п. 5 ст. 81 НК РФ).
Все расчеты оформляйте бухгалтерской справкой. Ее нужно приложить к уточненным декларациям, чтобы объяснить причины внесенных изменений.
В книги учета доходов и расходов за предыдущие годы исправления не вносятся (Письмо ФНС от 14.12.2006 N02-6-10/233@). А вот корректировать книгу 2014 год не нужно, т.к. в этот период уже применяется объект «доходы» и расходы в данной книге вообще не учитываются.