Плату банку (т.е. вознаграждение гаранту) учтите в расходах как оплату услуг банков <подп. 9 п. 1 ст. 346.16 НК>, т.к. выдача банковских гарантий относится к банковским услугам <п. 8 ч. 1 ст. 5 Федерального закона от 02.12.1990 N 395-1>.
Вы не указали, что за «услуги по агентскому договору» оказала вам сторонняя организация. Скорее всего, речь о том, что вы приобрели банковскую гарантию не напрямую у банка, а через организацию–посредника. Вы можете учесть оплату ее услуг как расходы на выплату комиссионных, агентских вознаграждений и вознаграждений по договорам поручения <подп. 24 п. 1 ст. 346.16 НК>. Но не забывайте, что на УСНО расходы учитываются при условии, что являются экономически оправданными <п. 2 ст. 346.16, п. 1 ст. 252 НК>. То есть вы должны быть готовы объяснить налоговикам, в чем состояла необходимость прибегать к услугам организации–посредника и почему нельзя было приобрести банковскую гарантию непосредственно у банка.