Если ваша организация определяет агентское вознаграждения по договорам транспортной экспедиции, то нужно вести журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур <п.3.1 ст.169 НК РФ>. Однако  представлять в инспекцию журнал учета счетов-фактур вы не должны. Все данные из этого журнала, касающиеся посреднической деятельности, должны быть указаны в вашей декларации в специальных посреднических разделах 10 и 11 <п.5.1 ст.174 НК РФ, п. 49, 50  Порядка заполнения декларации по НДС, утв. Приказом ФНС от 29.10.2014 N ММВ-7-3/558@, п.1 Письма ФНС от 08.04.2015 № ГД-4-3/5880@>.
    Не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим кварталом, должны представлять в инспекцию журнал учета только те посредники-экспедиторы, которые не являются плательщиками НДС, либо освобождены от исполнения обязанностей плательщиков по ст.145 НК РФ (и при этом не являются налоговыми агентами) <п.5.2 ст.174 НК РФ>.