Услуги по международной перевозке товара облагаются по нулевой ставке (пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ). При этом оказание услуг по международной перевозке товаров несколькими лицами (множественность лиц на стороне исполнителя или привлечение основным исполнителем третьих лиц (субисполнителей)) не препятствует применению ставки 0% всеми участвовавшими в оказании услуг лицами (п.18 Постановление Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33, Письма Минфина России от 21.05.2015 N 03-07-08/29322, от 17.10.2014 N 03-07-08/52436). То есть, оказывая услугу по экспортной перевозке грузов с привлечением третьего лица ‑ РЖД, вы также применяете нулевую ставку и не позднее пяти календарных дней со дня оказания услуг выставляете покупателю услуг (грузоотправителю) счет-фактуру в двух экземплярах (особого порядка составления и регистрации счетов-фактур при осуществлении экспортных операций ни НК РФ, ни Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 не предусматривают) (п. 3 ст. 168, п. 3 ст. 169 НК РФ).
Обратите также внимание, что счета-фактуры по экспортным операциям выставляются не «без НДС», а с указанием ставки НДС 0% (пп. 10 п. 5 ст. 169 НК РФ). И нулевую ставку необходимо подтвердить, представив в налоговую инспекцию вместе с декларацией необходимые документы в течение 180 календарных дней с даты отметки, проставленной таможенными органами на документах (п. 3.1, п. 9, п. 10 ст. 165 НК РФ).
Кроме того, по нулевой ставке облагаются транспортно-экспедиционные услуги, закрытый перечень которых установлен абз. 5 пп.2.1 п.1 ст.164 НК РФ, оказываемые грузоотправителю на основании договора транспортной экспедиции (ст.801 ГК РФ). В случае заключения обычного посреднического договора (ст.971, ст.990, ст.1005 ГК РФ) нулевая ставка в отношении вознаграждения не применяется. Также нужно иметь в виду, что если вы будете оказывать услуги, не поименованные в п.1 ст.164 НК РФ, то такие услуги нужно облагать по ставке 18% (Письмо Минфина от 03.06.2015 N 03-07-08/31993).
Для посреднических договоров, в которых посредник действует от своего имени, установлен особый порядок составления счетов-фактур и их регистрации в журнале учета счетов-фактур (Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137).
Тогда как для экспедиторов порядок выставления счетов-фактур Постановлением №1137 не определен. В таком случае можно воспользоваться разъяснениями контролирующих органов (Письма Минфина России от 15.04.2015 N 03-07-09/21339, ФНС России от 18.02.2013 N ЕД-4-3/2650@).