При применении патентной системы налогообложения вы не признаетесь плательщиком НДС в отношении деятельности по патенту <п. 11 ст. 346.43 НК РФ>. Поэтому при переходе с общего режима на ПСН ранее принятый к вычету НДС по недвижимости необходимо восстановить. Сделать это нужно в квартале, предшествующем кварталу перехода на спецрежим. С 1 января 2015 г. эта обязанность прямо предусмотрена законом <подп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ>. Но и до этого на необходимость восстановления принятых к вычету сумм НДС при переходе на ПСН указывал Минфин <Письмо Минфина от 12.05.2014 № 03-07-14/22144>.
Отметим, что по объектам основных средств НДС нужно восстановить  пропорционально остаточной стоимости ОС по состоянию на последний день квартала, в котором восстанавливается налог <подп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ>. При этом по недвижимости НДС, рассчитанный пропорционально остаточной стоимости, восстанавливается сразу, а не равными частями в течение 10 лет. Дело в том, что норма, предоставляющая такую преференцию <п. 6 ст. 171 НК РФ>, не действует при переходе налогоплательщика на спецрежим <Постановление Президиума ВАС от 01.12.2011 № 10462/11>.
Если налог не восстановить, то при проверке инспекторы сами доначислят НДС, оштрафуют вас за неуплату налога <п. 1 ст. 122 НК РФ> и насчитают пени на сумму недоимки <ст. 75 НК РФ>.