Оказание медицинскими организациями услуг по обязательному медицинскому страхованию не подлежит обложению НДС <подп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ>. И хотя медицинскими организациями считаются только те, для которых медицинская деятельность является основной, Минфин разъясняет, что при наличии медицинской лицензии льготу по НДС вправе применять также и те организации, для которых оказание медицинских услуг является дополнительным видом деятельности <п. 11 ст. 2 Закона от 21.11.2011 № 323-ФЗ; Письмо Минфина от 24.07.2013 № 03-07-07/29160>.
При наличии операций, как облагаемых НДС, так и не облагаемых, нужно вести раздельный учет входного НДС и принимать его к вычету в особом порядке <п. 4 ст. 170 НК РФ>. Но если в соответствующем квартале совокупная сумма расходов по необлагаемым операциям не превышает 5 % общей величины расходов, то в этом квартале вы вправе принять к вычету всю сумму входного НДС, включая налог, предъявленный при приобретении материалов и услуг для проведения операций, освобожденных от налогообложения (в том числе и для оказания услуг по обязательному медицинскому страхованию) <п. 4 ст. 170 НК РФ>.