Никаких особых инструкций на этот счет нет. Но в любом случае обнаружение такого признака у контрагента никак не должно повлиять на процесс сдачи НДС-декларации. Она будет считаться принятой.
В дальнейшем - если при проверке вашей декларации инспекция обратит внимание на указанный вами факт, она запросит у вас пояснения. В течение 5 рабочих дней вам надо будет представить запрошенные пояснения и/или документы. Инспекцию могут заинтересовать договоры, накладные / акты выполненных работ или оказанных услуг, другие данные. Дальнейшее развитие событий зависит от особенностей ситуации: если ваши данные совпадут с данными вашего контрагента, полученными налоговой службой, никаких сложностей быть не должно.