Из текста вопроса неясно, кто вы – получатель или плательщик роялти. Рассмотрим оба варианта.
1. Вы оказываете услугу по использованию торговой марки другой организации и получаете роялти. В таком случае вопрос решается в зависимости от резидентства плательщика:
(если) вам платит вознаграждение российская организация – с суммы роялти нужно платить НДС (подп.1 п.1 ст. 146 НК РФ);
(если) вам платит иностранная организация – роялти НДС не облагается  (подп.4 п.1.1. ст. 148 НК РФ, письмо ФНС от 13.08.2014 N ГД-4-3/15949@).

2. Если вы сами используете чужую торговую марку и перечисляете роялти другой компании, то НДС нужно заплатить в любом случае:
(и) при выплатах российской организации (подп.1 п.1 ст. 146 НК РФ);
(и) при выплатах иностранной организации. При этом варианте вы признаетесь налоговым агентом по НДС (п. п. 1 и 2 ст. 161 НК РФ). Налог уплачивается в бюджет одновременно с выплатой роялти (абз. 2 п. 4 ст. 174 НК РФ, письмо Минфина от 07.05.2007 N 03-07-08/100).