Создание в налоговом учете резерва расходов на оплату отпусков работников – право организаций, а не обязанность <п.1 ст.324.1 НК РФ>. В бухучете же обязательно создание оценочного обязательства на оплату предстоящих отпусков работников <ПБУ 8/2010>. Лишь некоторые организации могут быть освобождены от этого – к примеру, общества с ограниченной ответственностью, являющиеся субъектами малого предпринимательства  <п. 3 ПБУ 8/2010>.
Разницы по ПБУ 18/02 возникают, если организация применяет в бухучете ПБУ 18/02, а в налоговом учете решит не создавать резерв расходов на оплату предстоящих отпусков.
Кроме того, принципы создания и расходования резервов различны в налоговом и бухгалтерском учете. В бухучете нет четких правил для создания резерва (оценочного обязательства) - есть лишь общие принципы. Во главе которых - достоверность показанной в отчетности суммы обязательства перед работниками. Порядок создания резерва в бухучете надо закрепить в учетной политике.
В налоговом учете есть жесткие нормы. И их надо придерживаться, чтобы правильно рассчитать налог на прибыль <п.24 ст.255, ст.324.1 НК РФ>.
Если проанализировать принципы создания оценочного обязательства в бухучете и налоговые нормы, увидим ряд отличий. Так, предельная сумма налогового резерва рассчитывается в начале года < п. 1 ст. 324.1 НК РФ>. Если в организацию будет принят хотя бы один новый работник, резерва может не хватить. Между тем, в бухучете оценочное обязательство надо считать с учетом текущей обстановки. Да и компенсацию за неиспользованный отпуск уволившегося работника Минфин не разрешает списывать за счет налогового резерва <п.8 ст.255 НК РФ, Письмо Минфина от 03.05.2012 N 03-03-06/4/29 >. Есть и другие различия.
В случае возникновения разниц между признанными в расходах суммами отчислений в резерв в налоговом и бухгалтерском учете, в течение года могут возникнуть разницы по ПБУ 18/02.
Вместе с тем, и в налоговом, и в бухгалтерском учете на конец года надо проинвентаризировать резерв. Суммы переходящих остатков резервов на конец года должны совпасть и в бухгалтерском, и в налоговом учете в случае если налоговой учетной политикой при расчете суммы переходящего остатка отпускных учитываются все дни неиспользованного отпуска (п.1 Письма Минфина от 01.04.2013 №  03-03-06/2/10401). Ведь тогда и бухгалтерском, и в налоговом учете на следующий год надо перенести остаток, который должен покрыть расходы на выплату неиспользованных отпускных <п. 4 ст. 324.1 НК РФ; п. 23 ПБУ 8/2010>. Так что по итогам года надо будет в бухучете либо начислить новые разницы по ПБУ 18/02, либо списать начисленные ранее.