По такому работнику ваша компания как налоговый агент должна подать за 2015 г. в ИФНС справку по форме 2-НДФЛ < утв. Приказом ФНС от 30.10.2015 N ММВ-7-11/485@ >. В справке нужно указать коды доходов, полученных работником < приложение 1 к приказу ФНС от 10.09.2015 N ММВ-7-11/387@ >:

(и) вознаграждение за выполнение трудовых обязанностей:

(если) зарплата выплачена в денежной форме, то код – 2000;

(если) она выплачена в натуральной форме, то код – 2530;

(и) вознаграждение за аренду автотранспорта:

(если) платежи по договору аренды разбиты на две составляющие – арендная плата и вознаграждение за услуги по управлению автомобилем, - то коды 2400 и 2010;

(если) разделения на составляющие в договоре нет, то код 2400.

Напомним, что справку 2-НДФЛ нужно представить в налоговую инспекцию не позднее 1 апреля 2016 г. < абз. 2 п. 2 ст. 230 НК РФ >

Если договор аренды автотранспорта действует и в 2016 г., то получение сотрудником «арендного» дохода нужно будет отразить еще и в новом ежеквартальном расчете 6-НДФЛ < Приказ ФНС от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450@ >. Первый раз такой расчет представьте в свою инспекцию за I квартал 2016 г. не позднее 4 мая нынешнего года < абз. 3 п. 2 ст. 230, п. 7 ст. 6 НК РФ, Постановление Правительства от 24.09.2015 N 1017 >.