При подготовке ответа мы исходили из того, что заем беспроцентный.

Независимо от того, будет ли оформлено допсоглашение к договору о продлении срока, на который предоставлен заем, вам следует с 2016 года исчислять материальную выгоду и НДФЛ с нее <подп. 1 п. 1, п. 2 ст. 212, п. 1 ст. 210 НК>.

Делать это нужно на последний день каждого месяца <подп. 7 п. 1 ст. 223, п. 3 ст. 226 НК> начиная с января 2016 года и по месяц, в котором будет возвращен заем, включительно.

На конец января 2016 года нужно исчислить НДФЛ с матвыгоды не только за январь 2016 года, но и за весь период пользования займом до 01.01.2016. Это безопасный вариант, поддерживаемый в Минфине (подробности – в ГК 2016 № 1 стр. 26).

Матвыгоду на 31.01.2016 определите так.

Шаг 1. Рассчитайте проценты по займу исходя из 2/3 ключевой ставки ЦБ (к ней с 01.01.2016 приравнена ставка рефинансирования ЦБ <Указание ЦБ от 11.12.2015 N 3894-У>) за январь 2016 года:

Сумма займа х 2/3 ключевой ставки ЦБ, действующей на 31.01.2016 х 31 (*) / 366 (**)

(*) количество дней в январе. Если заем  погашен в январе 2016 года, нужно вместо 31 взять количество дней с 01.01.2016 по день погашения включительно.

(**) 2016 год – високосный

Шаг 2. Рассчитайте исходя из 2/3 ключевой ставки ЦБ проценты по займу за все истекшие до 01.01.2016 полные календарные годы пользования займом (2011, 2012, 2013, 2014 и 2015-й):

Сумма займа х 2/3 ключевой ставки ЦБ, действующей на 31.01.2016 х Количество истекших полных календарных лет пользования займом

Шаг 3. Рассчитайте исходя из 2/3 ключевой ставки ЦБ проценты по займу за год выдачи займа, т.е. за 2010 год:

Сумма займа х 2/3 ключевой ставки ЦБ, действующей на 31.01.2016 х Количество календарных дней со дня, следующего за днем выдачи займа (*), по 31.12.2010 включительно  / 365

(*) ст. 807, 809, 191, 839 ГК, п. 2 ст. 6.1 НК, абз. 3 п. 3.14 Положения ЦБ  04.08.2003 N 236-П, Письмо УФНС по г. Москве от 22.07.2009 N 20-14/3/075233@

Шаг 4. Сложите все три суммы. Это и будет сумма матвыгоды на 31.01.2016, с которой в тот же день, 31 января, нужно исчислить НДФЛ.

На последний день каждого следующего месяца пользования займом рассчитывайте матвыгоду так:

Сумма займа х 2/3 ключевой ставки ЦБ, действующей на последнее число этого месяца х Количество календарных дней в этом месяце (*) / 366 (**)

(*) В месяце возврата займа нужно взять количество дней с 1-го числа этого месяца по день возврата включительно

(**) В 2017 – 2019 годах нужно брать 365