Конечно, нужно. В базу по НДФЛ включаются все доходы физлица, полученные им как в денежной, так и в натуральной форме <п. 1 ст. 210 НК РФ>. Доходы по гражданско-правовым договорам не исключение. По общему правилу при выплате гражданину доходов, в том числе по таким договорам, организация признается налоговым агентом, то есть должна удержать и перечислить в бюджет НДФЛ с этих выплат <п. 1, 2 ст. ст. 226 НК РФ>. Причем удержать налог при выплате дохода организация должна независимо от того, когда фактически гражданин оказал или окажет ей оплачиваемые услуги <Письмо Минфина от 13.01.2014 № 03-04-06/360>. Если НДФЛ не был удержан при выплате вам дохода, и вы не будете получать других выплат от этой организации, обязанность по уплате налога ложится на ваши плечи. Это значит, что вы должны подать декларацию о доходах по форме 3-НДФЛ <приложение № 1 к Приказу ФНС от 24.12.2014 № ММВ-7-11/671@> за 2015 г. не позднее 4 мая <п. 7 ст. 6.1, ст. 216, п. 1 ст. 229 НК РФ; Постановление Правительства РФ от 24.09.2015 № 1017> и перечислить налог в бюджет не позднее 15 июля 2016 г. <подп. 4 п. 1, п. 4 ст. 228 НК РФ>.
Заметим, что сама организация должна не позднее 1 марта 2016 г. сообщить в ИФНС по месту своего учета о невозможности удержать налог и сумме налога по форме 2-НДФЛ <утв. Приказом ФНС от 30.10.2015 № ММВ-7-11/485@>, с указанием цифры «2» в поле «Признак». При этом, поскольку организация в данном случае могла исполнить обязанность по удержанию НДФЛ, но не сделала этого, с нее могут взыскать штраф в размере 20% от суммы налога, которую она должна была удержать и перечислить в бюджет <ст. 123 НК РФ>. Также компании придется заплатить с этой суммы пени за период с даты, когда она должна была перечислить налог, по 15 июля 2016 г. включительно, то есть по день, установленный для самостоятельного перечисления налога в бюджет физлицом <ст. 75 НК РФ; п. 2 Постановления Пленума ВАС от 30.07.2013 № 57>.
Отметим также, что в своем вопросе вы не упоминаете о наличии у вас регистрации в качестве индивидуального предпринимателя. Все изложенное выше касается физлица, не зарегистрированного в качестве ИП. Предприниматели же самостоятельно исчисляют и уплачивают НДФЛ на основании декларации по форме № 3-НДФЛ, представляемой в инспекцию по итогам года <п. 2, 5 ст. 227 НК РФ>. Организация, выплачивающая доход по гражданско-правовому договору физлицу, выступающему в договорных отношениях в качестве ИП, не признается налоговым агентом <п. 2 ст. 226 НК РФ>.