Если споров с налоговиками вы не хотите, то на физлицо, с доходов которого НДФЛ не был удержан, справку по форме 2-НДФЛ нужно подать в ИФНС дважды (Письмо Минфина от 01.12.2014 г. № 03-04-06/61283). К примеру, по доходам, выплаченным в 2015 г., это нужно сделать:

- не позднее 1 марта 2016 г. Тем самым вы сообщаете о выплате дохода, с которого не был удержан НДФЛ (в справке 2-НДФЛ указывается признак «2»);

- не позднее 1 апреля 2016 г. В этом случае вы в принципе сообщаете налоговикам о том, что конкретное физлицо получило от вас доход. В справке 2-НДФЛ указывается признак «1», а суммы НДФЛ отражаются, как неудержанные и не перечисленные в бюджет.

Т.е. в налоговую инспекцию вы представите две абсолютно одинаковые справки 2-НДФЛ только с указанием разных признаков.

Если этого не сделать, то вас могут оштрафовать на 200 руб. за каждую непредставленную справку 2-НДФЛ (п.1 ст.126 НК РФ).

Если же споры с ИФНС вас не пугают, то можете по такому физлицу представить справку 2-НДФЛ лишь один раз – не позднее 1 марта года, следующего за отчетным. И если вас оштрафуют за непредставление справки второй раз с признаком «1», есть шанс отбиться от штрафа в суде (см., например, Постановление АС Уральского округа от 10.09.2014 N Ф09-5625/14).