По мнению ФНС, если налоговый агент правильно исчисляет налог, у него  в принципе не может быть переплаты по НДФЛ. Ведь он удерживает НДФЛ из доходов налогоплательщика (физлица) и перечисляет его в бюджет <Письма ФНС от 19.10.2011 № ЕД-3-3/3432@, от 04.07.2011 № ЕД-4-3/10764>. А уплата НДФЛ за счет средств налогового агента прямо запрещена гл. 23 НК РФ <п. 9 ст. 226 НК РФ>.

Если же вы излишне удержали налог с работника, попросите его написать заявления о возврате излишне удержанной суммы. Вернуть налог вы должны в течение 3 месяцев со дня получения заявления. При этом вы уменьшаете сумму НДФЛ, подлежащую перечислению в бюджет, как по этому, так и по другим работникам < п. 1 ст. 231 НК РФ>.

Если же вы правильно удержали налог у работника, но перечислили в бюджет лишнюю сумму НДФЛ за счет своих средств, зачесть ее в счет предстоящих платежей по НДФЛ вы не можете. Вы можете только вернуть эту сумму из бюджета. Для этого нужно подать в свою ИФНС заявление на возврат налога <п. 6 ст. 78 НК РФ>.