При ответе мы исходим из того, что весь излишне удержанный НДФЛ вы вернули работнику, но НДФЛ других работников не хватает для возврата всей переплаты из бюджета, в связи с чем вы и обращаетесь в ИФНС.

В этом случае вам нужно подать в ИФНС заявление о возврате. К заявлению приложите выписку из налогового регистра по НДФЛ за 2015 г. и документы, подтверждающие излишнее удержание и перечисление НДФЛ в бюджет (например, справку 2-НДФЛ на этого работника, копии платежных поручений, подтверждающих уплату НДФЛ). Кстати, заявление в ИФНС должно быть подано в течение 10 рабочих дней со дня получения заявления от работника (абз. 6 п. 1 ст. 231 НК РФ). Но судя по всему, вы этот срок уже пропустили. Правда, при возникновении вопросов у налоговиков можете сказать, что вы считали, что НДФЛ других работников хватит для возврата, но просчитались.

На возврат переплаты по НДФЛ у налоговиков есть месяц со дня получения соответствующего заявления от вас (п.6 ст.78 НК РФ). 

Что же касается заполнения справки 2-НДФЛ (утв. Приказом ФНС России от 30.10.2015 N ММВ-7-11/485@) на этого работника, то т.к. излишне удержанный НДФЛ ему уже возвращен, то в справке 2-НДФЛ сумма предоставленного вычета будет равна сумме годового дохода работника, а в строках «Налоговая база», «Сумма налога исчисленная», «Сумма налога удержанная», «Сумма налога перечисленная», «Сумма налога излишне удержанная», «Сумма налога не удержанная налоговым агентом» ставите 0.