В 2016 году организации (не относящиеся к крупнейшим налогоплательщикам), имеющие ОП, должны сдавать форму 6-НДФЛ в отношении работников этих ОП и физлиц, получивших доходы по заключенным этими ОП договорам ГПХ, в налоговую по месту учета таких ОП <п. 2 ст. 230 НК РФ>. Иной порядок представления отчетности НК РФ не предусмотрен. Контролирующие ведомства в своих разъяснениях подчеркивают, что гл. 23 НК РФ налоговым агентам, имеющим обособленные подразделения, не предоставлено право самостоятельно выбирать обособленное подразделение, через которое производилось бы перечисление налога и, соответственно, представление расчета по форме 6-НДФЛ <Письма ФНС от 28.12.2015 N БС-4-11/23129@, Минфина от 19.11.2015 N 03-04-06/66970>.

Расчет должен составляться отдельно по каждому ОП, с указанием его КПП и ОКТМО <п.п. 1.10, 2.2 Порядка, утв. Приказом ФНС от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450@>.

Вопрос о возможности представления электронной отчетности в разные налоговые инспекции вам нужно обсуждать с вашим спецоператором.