Правила бухучета позволяют принять товар к учету без его поступления на склад <п.26 ПБУ 5/01>. Тем не менее, во избежание споров с проверяющими, безопасно принимать к вычету входной НДС по товарам уже после того, как они поступят на ваш склад <Письмо Минфина от 26.09.2008 N 03-07-11/318, Постановление 7 ААС от 03.02.2010 № 07АП-11031/09>. Заметим, что суды, как правило, считают, что право применения вычета не зависит от фактического поступления товара на склад. И если право собственности перешло к покупателю, то он может принять товар на учет <Постановления ФАС ЗСО от 10.07.2013 N А03-14269/2012, ФАС ЗСО от 26.12.2011 N А27-3297/2011; ФАС МО от 25.07.2011 N КА-А40/7513-11>.
Ваша организация продает товар без его завоза на свой склад. Такая «транзитная» продажа не должна лишать вас НДС-вычета. На основании счета-фактуры поставщика вычет НДС возможен по принятым к учету товарам, на которые вы уже получили право собственности. Для подтверждения реальности операции у вас должна быть товарная накладная и/или иные документы, подтверждающие поставку товаров от вашего продавца к вашему покупателю.